Die Ursachen der Vorzeitigen Ejakulation sind noch nicht vollständig geklärt. Aktuelle Erklärungsmodelle entstammen vor allem der klinischen Praxis im Umgang mit Betroffenen, theoriegeleitete Studien sind dagegen selten und werden kontrovers diskutiert.
Einig ist man sich darüber, dass es sich bei Vorzeitigen Ejakulation in den allermeisten Fällen um ein psychisches oder kognitives Problem handelt. Zu den favorisierten Erklärungsansätzen gehören folgende:
Lange Zeit basierte das populärste Erklärungsmodell auf einer mangelnden Erlernung der Orgasmuskontrolle durch die betroffenen Männer. Grundlage hierfür ist die Annahme, dass diese Kontrolle erst erlernt werden muss und dass dies beim Heranwachsenden mit fortschreitenden sexuellen Erfahrungen stetig geschieht. Bei Personen mit regelmäßigem vorzeitigem Orgasmus soll der notwendige Lernprozess noch nicht abgeschlossen sein. In der klinischen Arbeit hat sich allerdings herausgestellt, dass dies nicht der Hauptgrund für die Störung sein kann.
Eine weitere Theorie geht von einer Konditionierung der Patienten durch "negative Erfahrung" aus, die sich vor allem durch schnelle sexuelle Kontakte sowie ungünstige Umgebungsbedingungen beim Geschlechtsverkehr entwickelt haben soll. Wie die Theorie mit der mangelnden Erfahrung hat sich jedoch auch dieses Modell in der Praxis als nicht zutreffend erwiesen.
Eine der favorisierten Theorien ist die, dass eine ängstliche Anspannung der Betroffenen beim Geschlechtsverkehr den vorzeitigen Orgasmus bedingt. Als Ursache wird die Angst zwar noch diskutiert, man geht jedoch mittlerweile davon aus, dass sie die fehlende Kontrollfähigkeit bedingt.
Ein weiteres Modell erklärt die vorzeitige Ejakulation durch eine unzureichende Wahrnehmung der Erregung durch die Betroffenen. Diese merken nach diesem Ansatz gar nicht, dass sie sich bereits auf einem hohen Erregungsniveau befinden und versuchen aus dem Grunde auch nicht, die Ejakulation zu kontrollieren. An diesem Punkt setzen die meisten Therapien (siehe Squeeze-Methode, Stopp-Start-Methode) an.
Neben diesen Erklärungsmodellen auf der Basis der Kognition gibt es auch Versuche, Fälle von Vorzeitigen Ejakulation auf der Basis der Tiefenpsychologie zu erklären. Hier werden zum Beispiel unterdrückte Triebe im Sinne einer prägenitalen Strebung der Urethralerotik angenommen. Auch grundsätzliche Feindseligkeiten gegenüber der Frau, basierend auf einem gestörten Mutter-Kind-Verhältnis, werden als Erklärung in Betracht gezogen.
Stress und Probleme in der Paarbeziehung stellen einen weiteren Komplex der Ursachenmodelle dar. So ist nachgewiesen, dass sich Streit und Stress mit der Partnerin bei fast allen Betroffenen finden lassen, und es gilt auch als gesichert, dass diese Konflikte die sexuelle Störung dahingehend beeinflussen, dass sie anhaltend ist. Eine ursächliche Wirkung dieser Art von Problemen konnte allerdings bislang nicht nachgewiesen werden.
Organische Ursachen spielen bei einer geringen Anzahl Betroffener ebenfalls eine Rolle. Sie sind bei einem dauerhaften Problem mit Vorzeitigen Ejakulation bislang noch nie als Ursache beschrieben worden, bei akuten Problemen sind sie jedoch als Teilfaktor denkbar. In diesem Kontext sind besonders schmerzhafte Entzündungen des Urogenitaltraktes, Tumorerkrankungen oder Ähnliches zu nennen.
Neuere Forschungen deuten darauf hin, dass eine gesteigerte Sekretion der Geschlechtsdrüsen, deren Ursache unbekannt ist, zu einer überhöhten, „drückenden“ Samenmenge führt, die Vorzeitigen Ejakulation zur Folge hat. Häufiger Geschlechtsverkehr über einen längeren Zeitraum hinweg mindert den Druck und ermöglicht so nach und nach einen normalen Verkehr.